صدر قرار مجلس الجامعة بقيام كلية الطب عام 1988م ولقد صار الأمر حقيقة بتعيين العميد واستلامه العمل في 11/ 11/ 1989 م. ولقد كانت تلك الفترة فترة التجهيز حتى تاريخ بدء الدراسة في العام الدراسي 1990 / 1991م حيث تم قبول الدفعة الأولى للكلية عدد (27) طالباً لقسم الطلاب و(31) طالبة لقسم الطالبات, وبدأت الدراسة الفعلية في 24/2/1991 م بمقر الكلية المؤقت بقصر الشباب والأطفال بأم درمان.[3] \r\nوبدأ التعاون بين الكلية ووزارة الصحة السودانية الاتحادية ومع الخدمات الطبية العسكرية. \r\nعقدت للمناهج ثلاث مجموعات عمل أولها كانت في 31 يوليو 1990م لإعداد مناهج المرحلة الأولى بالكلية ثم أعقبتها في 15/ 12/ 1991 م قيام مجموعة العمل الثانية والتي وضعت مناهج المرحلة الثانية بالكلية (السنتين الثانية والثالثة). \r\nانتقلت إدارة الكلية للمدينة الجامعية بالفتيحاب في أم درمان بتاريخ 1 ذوالحجة 1413 هـ الموافق 21 مارس 1993م بعد أن تم تجهيز قاعات للدراسة بها كما تم تجهيز المختبرات اللازمة للتدريب العملي في الكيمياء الحيوية ووظائف الأعضاء وعلم الأمراض والأحياء الدقيقة بالإضافة إلى المقر المؤقت لإدارة كلية الطب والمشرحة التي تم افتتاحها. في 12 يونيو 1993 م تم استيعاب الطلاب جميعاً بما في ذلك الذين كانوا يدرسون الطب وعادوا من خارج البلاد وبلغ عددهم (1180). \r\nفي العام 2004 أُقيمت ندوة عمل في المجلس السودانى للتخصصات الطبية للنظر في مناهج الكلية. توالت حلقات العمل في العام 2005 في المجلس السودانى للتخصصات الطبية وقاعة مركز الكلى بمستشفى الخرطوم لتطوير مناهج الكلية نتج عنها عدة لجان تكلل عملها بالنجاح في الورشة التي أقيمت في مستشفى ابن سينا 2-3 مايو 2005 حين تم فيها إجازة المقترح الحالى لمناهج كلية الطب والعلوم الصحية. واستمرت مرحلة البناء في المناهج والتقييم والاعتماد وظهر التطوير فى مبانى ومقررات الكلية واقيمت اكثر من 50 ورشة تعليم طبى واحتضنت الكلية مؤتمر جامع لعمداء كليات الطب السودانية في تقييم امتحانات OSCE.   ومن خلال سعي الكلية لتجويد الأداء والسير في موجهات الاعتماد العالمية زارت الكلية بروفسير جانيت قرانت ثلاث مرات فى الفترة من يوليو 2011 الى نوفمبر 2011 فى اطار  دراسة لتقييم وتقويم  4 من كليات الطب السودانية وتجهيزها للاعتماد العالمى وفى الزيارة الاخيرة زار البرفسير الامريكى جاك بولى  للوقوف على طرق الامتحانات.